Yhdysvaltojen suunnitelmat sijoittaa ballististen ohjusten torjuntajärjestelmät Keski-Eurooppaan ovat herättäneet voimakkaita ristiriitoja. Nämä ristiriidat ovat olleet sekä sisäpoliittisia – erityisesti tutkajärjestelmän vastaanottavassa Tšekin tasavallassa ja torjuntaohjusten sijoitusmaassa Puolassa – että valtioiden välisiä. Sisäpoliittisia ongelmia ovat kärjistäneet edelleen Tšekin ja Puolan hallitusten epävakaa asema kotimaassa. Kansainväliset erimielisyydet ovat kiteytyneet varsinkin Venäjän ja Yhdysvaltojen suhteisiin, mutta myös Moskovan suhteisiin Prahan ja Varsovan kanssa. Ohjuspuolustus on olennainen osa varustelupolitiikan yhtälöä. Ydinasepelotteen varmistamiseksi Neuvostoliitto ja Yhdysvallat sopivat vuonna 1972 ohjuspuolustuksen merkittävästä rajoittamisesta. Bushin hallinto sanoutui irti tästä sopimuksesta vuonna 2002. Näin se pääsi rajoituksitta jatkamaan Yhdysvaltojen strategisen ohjuspuolustuksen kehittämistä, jonka Reaganin hallinto oli pannut alulle vuonna 1982, mutta joka oli Clintonin kaudella edennyt hitaammin. Venäjä ei ole erityisen voimakkaasti arvostellut Bushin hallinnon päätöstä, vaan on tyytynyt kehittämään ja testaamaan uusia hyökkäysohjuksia. Keski-Eurooppaan sijoitettavaa tutka-asemaa ja kymmentä torjuntaohjusta on perusteltu erityisesti Iranin tulevaisuudessa aiheuttamalla ydinaseuhkalla. Iran onkin kehittämässä pitkän kantomatkan ohjuksia, eikä sen suunnitelmia rakentaa ydinase voida laskea pois. Sen äskeinen avaruuteen laukaisema satelliitti ei ole ainakaan vähentänyt näitä huolia.
Kuten useissa virallisissa amerikkalaisdokumenteissa on tehty selväksi, uuden torjuntajärjestelmän tarkoituksena ei ole ensisijaisesti suojella eurooppalaisia valtioita, vaan se on osa Yhdysvaltojen kerrostettua maailmanlaajuista ohjuspuolustusta, joka on tarkoitettu lisäämään sen omaa turvallisuutta – ja ainakin potentiaalisesti myös sen kykyä käyttää hyökkäysohjuksia vastustajia vastaan ilman tuhoisia seurauksia itselle. Ydinasestrategiassa vallitseekin herkkä suhde hyökkäyksen ja puolustuksen välillä: kyky puolustautua tehokkaasti lisää hyökkäyksen voimaa. Yksi keskeinen syy Yhdysvaltojen maailmanlaajuiselle ja alueelliselle ohjuspuolustukseen panemalle painolle on kansainvälisen järjestelmän muutos. Kaksinapaisessa maailmanjärjestyksessä sen tuli suojautua lähinnä Neuvostoliiton ohjuksia vastaan. Tämän järjestyksen moninapaistuminen ja ydinaseiden leviäminen on diversioinut Yhdysvaltoihin mahdollisesti kohdistuvia strategisia uhkia, joihin se pyrkii valmistautumaan lisäämällä globaaliin ohjuspuolustukseen alueellisia kerroksia muun muassa Keski-Euroopassa.
Venäjän käsityksen mukaan Keski-Euroopan tutka- ja ohjusjärjestelmä, joka koostuu kokonaan amerikkalaisesta teknologiasta, on suunnattu ensisijaisesti sitä itseään vastaan, minkä käsityksen amerikkalaiset ovat jyrkästi torjuneet. Venäläisten huoli on ollut liioiteltu, mutta ei täysin perusteeton. Uusi tutkajärjestelmä kykenee havaitsemaan aikaisemmin Venäjän strategisten ohjusten kokeet ja niiden mahdollisen sotilaallisen käytön. Tämä kaventaa sen omaa strategista liikkumatilaa. Lisäksi Moskovassa ollaan huolestuneita siitä, että tulevaisuudessa Puolaan sijoitettavien torjuntaohjusten määrää ja niiden iskukykyä lisättäisiin suunnitellusta tasosta. Luonnollisesti ohjuspuolustussuunnitelmat sijoitetaan myös laajempaan poliittiseen yhteyteen. Moskovassa arvioidaan Yhdysvaltojen ja NATOn työntyvän yhä lähemmäksi sen ydinalueita ja ohjuspuolustuksen olevan yksi askel Ukrainan ja Georgian hyväksymiselle NATOn jäseniksi, mikä venäläisille on poliittista myrkkyä. Venäjä ja Yhdysvallat ovat yli kahden vuoden ajan käyneet poliittista peliä ohjuspuolustuksen luoman ongelman ratkaisemiseksi. Washington on pyrkinyt vakuuttamaan Moskovalle aikeidensa vilpittömyyttä paitsi poliittisilla lupauksilla, myös kutsumalla venäläisiä asiantuntijoita omiin ohjuskohteisiinsa. Venäjä on puolestaan tarjonnut tutka-aseman vaihtoehtoiseksi sijoituspaikaksi Azerbaidzhania ja ilmoittanut hyväksyvänsä liikkuvilla alustoilla merialueilla sijaitsevat tutka-asemat. Näiden ehdotusten yhteisenä nimittäjänä on tarjottujen vaihtoehtojen heikompi kyky tarkkailla Venäjän sotilaallisia toimia.
Ohjuskiistan kovuutta kuvaa se, että Venäjän viralliset edustajat ovat useaan otteeseen uhanneet sotilaallisilla vastatoimilla, mikäli torjuntajärjestelmä sijoitetaan paikoilleen. Eräänlainen huippukohta saavutettiin 5.11.2008, jolloin Venäjän presidentti Medvedev uhkasi Barack Obaman voittopäivänä sijoittaa Iskander-merkkisiä taktisia ydinaseita Kaliningradiin, mikäli Puolaan tulee torjuntaohjuksia. Sen jälkeen kritiikki on laantunut, mutta aivan ilmeisesti Venäjä ottaa tämän asian hyvin vakavasti. Venäjän esittämät uhkaukset liittyvät tutkimuksessa liittoutumapulman (alliance dilemma) termillä kulkevaan ilmiöön. Jäsenyys sotilasliitossa lisää maan turvallisuutta siinä mielessä, että liiton luoma sotilaallinen pelote, mikäli se on uskottava, nostaa vastustajan hyökkäyksen kynnystä. Toisaalta, jos hyökkäys tapahtuu, niin jäsenmaan joutuminen iskujen kohteeksi lisääntyy, erityisesti jos sen alueella sijaitsee strategisesti tärkeitä kohteita. Sotilasliitossa on myös kaksi muuta pulmaa: jäsenen joutuminen hyökkäyksen sattuessa liiton johtajan hylkäämäksi (abandonment) ja johtajan ansautuminen vastoin tahtoaan jäsenvaltion luomaan konfliktiin (entrapment). Nämä ongelmat ovat olleet esillä koko NATOn historian ajan ja ovat nousseet esille myös Keski-Euroopan ohjuspuolustuksen politiikassa. Ne ovat kuitenkin kiteytyneet eri tavalla Tšekin tasavallassa ja Puolassa. Tšekissä keskeisenä kysymyksenä on ollut maan suvereenisuus: loukkaako amerikkalaisten asiantuntijoiden sijoittaminen tutkaasemalle maan itsemääräämisoikeutta?
Taustalla on luonnollisesti maan kokema suurvallan miehitys ja sotilaallinen väliintulo vuonna 1968. Tšekin sisäpoliittinen kuohunta, jonka seurauksena Topolánekin hallitus sai maaliskuussa 2009 epäluottamuslauseen, on vaikeuttanut Yhdysvaltojen kanssa allekirjoitetun sopimuksen lopullista vahvistamista ja sen on jopa kytketty EU:n Lissabonin sopimuksen ratifiointiin.
Puolan kohdalla liittoutumapulma on vielä konkreettisempi. Maan kahtiajakautunut poliittinen johto suhtautuu eri tavalla Yhdysvaltojen kanssa tehtyyn sopimukseen. Yhtä mieltä hallitus ja presidentti ovat kuitenkin siitä, että Puolan turvallisuuteen kohdistuva uhka ei tule niinkään Iranista kuin Venäjän vahvistuvasta sotilaallisesta potentiaalista. Georgian kriisi on luonnollisesti vahvistanut tätä käsitystä. Niinpä Puola vaati neuvotteluissa Yhdysvaltojen kanssa torjuntaohjuksien sijoittamista koskevan sopimuksen hinnaksi tukea maan armeijan vahvistamiselle sekä amerikkalaisten taktisten Patriot-ohjusten sijoittamista sen maaperälle. Nämä lisäävät tietysti Puolan kykyä torjua Venäjän taktisia ydinohjuksia, mutta samalla ne lisäävät myös syvässä kriisissä maahan kohdistuvan iskun uhkaa. Vaikeita neuvotteluja olisi tuskin saatu loppuun, ellei Venäjän ja Georgian välinen sotilaallinen kriisi olisi nopeuttanut ratkaisua Varsovassa, jossa ohjussopimus allekirjoitettiinkin elokuussa. Obaman hallinnon nousu valtaan Yhdysvalloissa on muuttanut tilannetta. Uusi hallinto ei ole aloittanut joidenkin odottamaa ohjuspuolustusjärjestelmän tarpeellisuuden kokonaisarviota, mutta on kyllä poistanut siitä ylimääräisen poliittisen latauksen. Venäjän kanssa halutaan luoda asialliset suhteet, joihin kuuluisi kokonaisratkaisujen etsiminen. Näistä keskeisin on eräänlainen strateginen paketti, johon kuuluisi tämän vuoden lopussa umpeutuvan strategisten aseiden rajoittamissopimuksen jatkaminen aikaisempaa alhaisemmalla tasolla, muiden asevalvontasopimusten, kuten keskimatkan ohjukset poistavan sopimuksen, kunnioittaminen sekä yhteistoiminta ydinaseiden leviämisen pysäyttämiseksi. Tähän kokonaisuuteen liittyy Iranin ydinasesuunnitelmien pysäyttäminen. Luottamuksellisessa kirjeessään Medvedeville Obama antoi äskettäin ymmärtää, että Yhdysvallat olisi valmis harkitsemaan Keski-Euroopan ohjuspuolustuksesta luopumista tai sen käyttöönoton siirtämistä, mikäli Venäjä osallistuisi aktiivisemmin Iranin ydinaseen estämiseen. Moskova on ilmoittanut torjuvansa tällaiset kytkykaupat ja Obama kieltää sellaisia ehdottaneensakaan, mutta prosessi on oikeastaan vasta alkanut.
Tällainen ratkaisu olisi sisäpoliittista myrkkyä varsinkin Puolassa, missä Tuskin hallitus on ilmoittanut, että se tarvitsee turvallisuutensa vahvistamiseksi joka tapauksessa patterin Patriot-torjuntaohjuksia. Tästä sitoumuksestaan Washingtonin on vaikea luopua. Ohjuspuolustus hiertää myös NATOn sisäisiä suhteita, sillä osa jäsenistä haluaisi käsitellä asiaa liiton sisällä, eikä jättää sitä Yhdysvaltojen kahdenkeskiseksi asiaksi Tšekin tasavallan ja Puolan kanssa (mihin liittoutuma tosin viime vuonna suostui).