Ulkopoliittisen instituutin hallitus valitsi järjestäytymiskokouksessaan puheenjohtajakseen alivaltiosihteeri Kai Sauerin (Ulkoministeriö) kaudelle 2020–2024. Varapuheenjohtajaksi valittiin professori Anu Kantola (Helsingin yliopisto). Hallitukseen kaudelle 2020-2024 valitut muut jäsenet ovat EU-erityisasiantuntija Salla Sammalkivi (Valtioneuvoston kanslia), professori Risto Heiskala (Tampereen yliopisto), professori Paula Vanninen (Helsingin yliopisto), dosentti ja kollegiumtutkija Mikael Mattlin (Turun yliopisto). Hallituksessa jatkavien valtiotieteen kandidaatin Simon Elon, kauppatieteiden maisterin ja yrittäjän Lenita Toivakan ja ministeri ja emeritakansanedustajan Sirkka-Liisa Anttilan toimikaudet päättyvät 31.12.2021.
Instituutin hallitus päättää mm. instituutin taloudesta ja tutkimusohjelmasta, jota sen tutkijat toteuttavat tieteellisen autonomian periaatteiden mukaisesti. Hallitus myös nimittää instituutin johtajan.