Britannian brexit-päätöksen välilliset vaikutukset Euroopan unionin poliittisiin instituutioihin ovat merkittävämpiä kuin varsinaiset välittömät vaikutukset. Välilliset seuraukset avaavat unionille myös mahdollisuuksia uudistuksiin.
EU:n perussopimukseen sisältyviä ministerineuvoston määräenemmistösääntöjä jouduttaneen muuttamaan, kun Britannia eroaa unionista. Myös Euroopan parlamentin eurokriittisten poliittisten ryhmien kokoonpano muuttuu eron vuoksi vuoden 2019 eurovaalien jälkeen.
Poliittinen paine Euroopan talous- ja rahaliiton poliittisen hallintajärjestelmän vahvistamiseksi ja oman budjetin luomiseksi euroryhmälle saattaa kasvaa, kun brexitin jälkeiset uudistukset pääsevät vauhtiin. Jos unionin perussopimukset avataan muutoksille, myös yhteisen ulko- ja turvallisuuspolitiikan instituutioita ja päätöksentekoa todennäköisesti muutetaan ja yhteistä turvallisuus- ja puolustuspolitiikkaa kehitetään edelleen.
EU:n sisäiset uudistukset eivät kuitenkaan saisi vaarantaa unionin yhtenäisyyttä. EU kamppailee jo nyt sekä sisäisten että ulkoisten paineiden kanssa.
