Ulkopoliittisella instituutilla on jo vuosien ajan ollut yhteistyötä pohjoismaisten sisarinstituuttiensa kanssa. Suomen puheenjohtajuus Pohjoismaisessa ministerineuvostossa 2016 teki aloitteen virallisesta vaihto-ohjelmasta instituuttien välillä.
Pohjoismaista vaihto-ohjelmaa rahoitetaan erityisellä puheenjohtajuuden budjetilla, jonka tarkoituksena on lisätä pohjoismaisen yhteistyön näkyvyyttä. Päätavoitteena on lisätä ulkopoliittista keskustelua Pohjoismaissa sekä tutkimuskontaktien vahvistamista instituuttien välillä. Projektia on koordinoitu FIIAssa, ja projektin johtoryhmä koostuu pohjoismaisten instituuttien johtajista. Haku tutkijavaihtoihin tapahtuu puolivuosittain. Vaihtoja on ollut tähän mennessä lähes 30, ja suurin osa on kestänyt 1-3 kuukautta. Haut ovat temaattisesti keskittyneet ulko- ja turvallisuuspoliittisiin kysymyksiin Pohjoismaissa mutta ovat sisältäneet myös Aasian ja Venäjän tutkimusta.